आयोग में एक केंद्रीय सतर्कता आयुक्त (अध्यक्ष) और अधिकतम दो सतर्कता आयुक्त (सदस्य) होते हैं। केन्द्रीय सतर्कता आयोग का अपना सचिवालय है जिसमें मुख्य तकनीकी परीक्षक स्कंध (सीटीई), विभागीय जाँच हेतु आयुक्तों (सीडीआई) का एक स्कंध और मुख्य सतर्कता अधिकारी होते हैं ।
सचिवालय में एक सचिव हैं जिनके पास विभागाध्यक्ष का अधिकार है, चार अपर सचिव, इकतीस निदेशक/उप सचिव (तीन विशेष कार्य अधिकारियों सहित), आठ अवर सचिव और कार्यालय स्टाफ है । आयोग विभिन्न बैंकों से अस्थायी स्थानांतरण आधार पर आए गए उप महाप्रबंधक /महाप्रबंधक स्तर के चार अधिकारियों की सेवाएं भी लेता है।
मुख्य तकनीकी परीक्षक संगठन, जिसे केंद्रीय सतर्कता आयोग के तकनीकी स्कंध के नाम से जाना जाता है । इस स्कन्ध में दो मुख्य तकनीकी परीक्षक (मुख्य अभियंता के पद के) शामिल हैं, जिन्हें आठ तकनीकी परीक्षक (कार्यकारी अभियंता के पद के) और अन्य सहायक इंजीनियरिंग स्टाफ द्वारा सहायता प्रदान की जाती है ।
आयोग में पदस्थापित निदेशक/उप सचिव स्तर के किसी भी अधिकारी को आयोग विभागीय जाँच आयुक्त (सीडीआई) के रूप में नियुक्त कर सकता है । लोक सेवकों के विरुद्ध आरंभ की गई विभागीय कार्यवाही में मौखिक जाँच संचालित करने के लिए सीडीआई, जाँच अधिकारी के रूप में कार्य करते हैं।
प्रत्येक विभाग/संगठन, जिस पर केन्द्रीय सतर्कता आयोग की परामर्शी अधिकारिता है, में एक सतर्कता इकाई होती है, जिसकी अध्यक्षता मुख्य सतर्कता अधिकारी (सीवीओ) करते हैं । मुख्य सतर्कता अधिकारी, केन्द्रीय सतर्कता आयोग की विस्तारित शाखाओं के रूप में कार्य करते हैं और सतर्कता मामलों के संबंध में सभी व्यावहारिक उद्देश्यों के लिए केन्द्रीय सतर्कता आयोग का प्रतिनिधित्व करते हैं। मुख्य सतर्कता अधिकारी, विभाग/संगठन और केन्द्रीय सतर्कता आयोग के मध्य एक महत्वपूर्ण कड़ी के रूप में कार्य करते हैं।